La fattura è da assoggettare ad IVA.
Devi registrarla come una fattura di acquisto e mediante l'assoggettamento a R.C. il sw dovrebbe generarti il movimento IVA nel registro vendite (autofattura) oltre che, ovviamente, nel registro acquisti.
Devi pertanto rivolgerti, come già ti ho scritto, alla sw house poiché loro devono dirti se il R.C. viene gestito attraverso il codice IVA ovvero attraverso la causale contabile di registrazione della fattura e dunque metterti nelle condizioni di effettuare la registrazione.
Saluti.