Se sei in contabilità ordinaria, liquidazione iva mensile, e hai registrato una nota credito come fattura acquisto, essendo oltretutto una fattura intracomunitaria (quindi non è transitata x SDI) al tuo posto registrerei 2 volte lo stesso documento come fattura acquisto: con la prima registrazione neutralizzi l'errore fatto a settembre, con la seconda registri con esattezza l'accredito dal fornitore. Volendo tali registrazioni puoi farle transitare solo in contabilità generale e non sui registri iva. Occhio alla LIPE, quella del 3° trimestre non deve contenere l'acquisto erroneo.
ciao - Gianni