Ti riporto l'art. 14 della Convenzione Italia-Germania:
"Art. 14
Professioni indipendenti
1. I redditi che un residente di uno Stato contraente ritrae dall'esercizio di una libera professione o da altre attività di carattere indipendente sono imponibili soltanto in detto Stato, a meno che detto residente non disponga abitualmente nell'altro Stato contraente di una base fissa per l'esercizio delle sue attività. Se egli dispone di tale base fissa, i redditi sono imponibili nell'altro Stato, ma soltanto nella misura in cui sono imputabili a detta base fissa.
2. L'espressione "libera professione" comprende in particolare le attività indipendenti di carattere scientifico, letterario, artistico, educativo o pedagogico, nonché‚ le attività indipendenti dei medici, avvocati, ingegneri, architetti, dentisti e contabili."
Quindi direi che la tassazione è applicata in Germania.
Aggiungo solo una cosa: considerando che, vista la tua particolare situazione, sarai considerata con buona probabilità fiscalmente residente in Germania, perchè non apri partita IVA direttamente là? Così eviti di complicarti la vita inutilmente.