Se la partita iva del fornitore errato è la stessa del fornitore esatto non vedo grossi problemi, sarei quindi tentato di non fare nulla. Non ravviso un comportamento sanzionabile (in anagrafica togli il codice fiscale sbagliato, lascia la sola partita iva).
Tutt'al più fai una scrittura di storno
FORNITORE ERRATO @ FORNITORE ESATTO in corrispondenza di ogni fattura - la descrizione della registrazione sarà "storno x errata intestazione fornitore"
Quindi correggi i pagamenti delle fatture imputandoli al fornitore esatto.