non credo sia necessaria un'apposita assemblea nel caso di cessione della quota trattandosi di fatti e rapporti tra i singoli soci che nulla hanno a che vedere con una assemblea sociale.
L'imposta di registro in genere viene calcolata su ogni singola cessione anche se l'atto fosse unico.
Vi è una corrente di pensiero, ma non mi sentirei di suggerirtelo, che considera il pagamento di una sola quota di imposta di registro anche se vi siano più cessioni di quote, come nel tuo caso.
ciao