Per le violazioni sostanziali al reverse charge sono stabilite due tipi di sanzioni:
La prima piu' grave prevede l’applicazione di una sanzione amministrativa compresa fra il 100 e il 200 per cento dell’imposta, con un minimo di 258 euro, a carico del fornitore (cedente o prestatore) che, in relazione ad un’operazione soggetta al meccanismo dell’inversione contabile, addebita irregolarmente l’imposta in fattura omettendone il versamento. Sono tenuti solidalmente al pagamento della sanzione e dell’imposta entrambi i soggetti obbligati all’applicazione del meccanismo dell’inversione contabile.( c. 9-bis dell’articolo 6 del D.Lgs. 18 dicembre 1997, n. 471)
La seconda piu' leggera prevede una sanzione ad hoc per le ipotesi in cui dalla violazione degli obblighi sostanziali connessi all’operazione sottoposta a reverse charge non scaturisca alcun danno all’erario. Infatti, se l’imposta relativa all’operazione sottoposta al reverse charge è stata assolta, anche se irregolarmente, dal cessionario/committente oppure dal cedente/prestatore, fermo restando il diritto alla detrazione ai sensi dell’articolo 19 del DPR 633/72, l’irregolarità circa le modalità di applicazione dell’IVA viene punita con la sanzione del 3 per cento dell’imposta irregolarmente versata, con un minimo di 258 euro e comunque non oltre 10.000 euro per le irregolarità commesse nei primi tre anni di applicazione delle nuove disposizioni.
Anche in questo caso al pagamento delle sanzioni sono tenuti solidalmente entrambi i contraenti.
Sulla natura non sostanziale delle irregolarità relative all'applicazione del reverse charge si è espressa anche la Corte di Giustizia a seguito dell’ordinanza della Corte di Cassazione n. 25035/2013.