Dando per scontato che l'associazione in questione abbia la partita iva, visto che si parla di fatturare, al fine di inquadrare questa situazione sarebbe utile sapere che tipo di servizi ha effettuato questa associazione e qual'è l'oggetto nello Statuto dell'associazione stessa. In ogni a mio parere i servizi sono sempre assoggettabili a IVA ordinaria anche se svolti da una no-profit, a meno che tu non intenda come servizio un compenso ricevuto per qualcosa che ha a che fare con i fini istituzionale dell'associazione(interpretazione "tirata per i capelli"), ed è per questo che bisogna sapere qualche dato più preciso.
Saluti