Dovresti registrarla nel mese di giugno, e versarci l'iva. Se non riesci e riaprire il mese, o trimestre, prova a far rifare la fattura emessa, mettendo come data un giorno di luglio (verifica però che il soggetto che registra questa fattura negli acquisti non l'abbia già contabilizzata a giugno, e quindi ci abbia già recuperato l'iva) (però se il soggetto che riceve la fattura, sarebbe comunque a credito di iva, non gli costerà nulla togliere dal periodo la fattura in questione e ti sarà possibile modificare la data sul documento) (ti dico così perchè magari sia l'emittente della fattura che il soggetto che la riceve sono entrambi clienti del tuo studio).
Se ci sono impedimenti, sei costretta a registrare la fattura (datata 30 giugno) nel periodo di giugno, e quindi riliquidare l'iva di giugno (o del secondo trimestre) e versare con ravvedimento operoso la differenza di iva.
