La legge IVA stabilisce, nel caso descritto, che il momento rilevante per l'assoggettamento ad imposta dell'operazione è il pagamento per cui non potresti emettere fattura oltre tale momento. Per stare tranquillo, quindi, l'iva corrispondente alla somma incassata deve rientrare nella competenza del mese/trimestre in cui è avvenuto il pagamento. Ad es., nel caso in cui liquidi l'IVA trimestralmente, se incassi a gennaio ed emetti la fattura a febbraio non dovrebbe succedere niente perché l'IVA rimane nella competenza del trimestre in cui è avvenuto l'incasso. Se invece incassi a marzo ed emetti fattura ad aprile, liquidando l'IVA addebitata al 2° trimestre anziché nel primo bisogna vedere se, in caso di verifica, i verificatori (sempre che se ne accorgano) possano considerarla una violazione formale ovvero sostanziale e quindi passibile di sanzione. Personalmente non sanzionerei un tale comportamento, considerando che non viene arrecato alcun danno all'erario...
Ciao.