A mio avviso devi continuare a fatturare in data di oggi le residue "consegne" di giugno, facendo confluire l'iva su queste fatture ritardatarie nella liquidazione di giugno.
La nota credito andresti ad emetterla il 05/07 come la fattura errata... se poi ricominci al 30/06 la cronologia non viene rispettata...
Gianni