In questo caso la compensazione è da considerarsi contra legem, in violazione dell'art. 37 c. 49-bis del D.L. 223/2006 conv. L. 248/2006.
A mio avviso dovresti provvedere a riversare il credito esposto nel mod. F24mediante ravvedimento operoso; in mancanza ti verrebbe contestata la compensazione effettuata.
Attendi comunque altri pareri in merito.
Saluti.