La disapplicazione della disciplina delle società di comodo è subordinata al parere della Direzione Regionale dell'Agenzia delle Entrate. L'istituto tuttavia oltre a comportare per le Direzioni regionali un superlavoro, è a rischio di censura da parte dell'Unione, per le possibili incongruenze con la normativa comunitaria, anche a seguito delle modifiche apportate dall'art. 35 commi 15 e 16 relativamente al riporto delle perdite.