L'aspetto maggiormente criticato delle collaborazioni a progetto riguarda l'assenza di tutela di questa forma di lavoro flessibile. Solo dal 1995, con la legge n. 335 si è cominciato a pensare ad un sistema di protezione per questi lavoratori. Ciò nonostante la diversità tra qualità e quantità di tutele per i lavoratori dipendenti resta ancora un nodo irrisolto, in considerazione dell'importanza crescente delle nuove forme di lavoro nel nostro ordinamento.
Dal Gennaio 2000 i collaboratori non iscritti ad altre forme previdenziali obbligatorie (e non titolari di pensione) hanno diritto all'indennità di malattia per i periodi di degenza ospedaliera. Si tratta quindi dei soggetti per i quali si versa il contributo dello 0,50% in aggiunta alla contribuzione pensionistica.