Tra gli effetti dell'adesione alla programmazione fiscale introdotta dalla Finanziaria 2006 vi è l'irrilevanza delle perdite, stabilita per la definizione del 2003 e 2004. Il comma 516 della legge dispone che accettata la proposta per questi anni viene esclusa qualsiasi rilevanza delle eventuali perdite risultanti dalle dichiarazioni e che risulta escluso e, comunque, inefficace il riporto a nuovo delle stesse. In presenza di perdite di esercizio o riportate da esercizi precedenti, dedotte in Unico 2004 e in Unico 2005, i ricavi contenuti nelle proposte inviate dal Fisco saranno aumentati delle componenti reddituali compensati con le perdite.